En 2005, Semak dejó el CSKA, aceptando una oferta del PSG. Ese mismo año recibió el título de maestro de deportes de honor. De París, Serguéi Bogdánovich se marchó primero al FC Moscú, donde se convirtió rápidamente en uno de los líderes, y luego se trasladó al Rubin Kazan, donde ganó el primer título de liga de la historia del club.
En 2007, tras superar los 100 goles marcados en campeonatos rusos, entró en el club de los 100 goleadores rusos del periódico Sport-Express y del club de Grigory Fedotov.
En 2008 regresó a la selección nacional y se convirtió en el capitán del equipo que ganó la medalla de bronce del Campeonato de Europa. Es miembro del Club Igor Neto (para los jugadores que han disputado más de 50 partidos con la selección rusa).
Semak jugó en el Zenit desde agosto de 2010 hasta junio de 2013. En tres temporadas jugó con el club de San Petersburgo 72 partidos, marcó 13 goles y dio siete asistencias.
En junio de 2013, aceptó la oferta de Luciano Spalletti para unirse al cuerpo técnico del Zenit como entrenador asistente. El 11 de marzo de 2014 fue nombrado entrenador temporal del Zenit. Bajo su dirección, el equipo jugó dos partidos: contra el CSKA (0-1), y luego contra el Borussia Dortmund (2-1).
El 20 de marzo de 2014, Serguéi Bogdánovich se unió al cuerpo técnico de André Villas-Boas. En septiembre de 2015, dirigió al Zenit durante seis partidos del campeonato ruso debido a la suspensión del técnico portugués. Tras su marcha, Semak siguió trabajando en el cuerpo técnico de Mircea Lucescu.
En agosto de 2014, se unió al cuerpo técnico de la selección rusa, donde trabajó junto a Fabio Capello y luego con Leonid Slutsky.
El 30 de diciembre de 2016 fue nombrado entrenador del Ufa. El equipo de la capital de Bashkortostán terminó la temporada 2017/18 en sexto lugar, lo que supuso el mejor resultado de su historia y le permitió entrar en la UEFA Europa League por primera vez.
El 29 de mayo de 2018, Serguéi Semak se hizo cargo del Zenit. Junto al equipo de San Petersburgo, recogió todos los trofeos nacionales, convirtiéndose en bicampeón de Rusia y ganando la Copa y la Supercopa del país.
Estimado Serguéi Bogdánovich, ¡les deseamos a Usted y a su familia una buena salud, tantos momentos felices en San Petersburgo como sea posible y nuevas y brillantes victorias y premios con el Zenit!
¡Feliz cumpleaños!
