Años 1990-99

El club oficialmente dejó de recibir apoyo de LOMO el día 6 de agosto de 1990. FC Zenit fue establecido como una compañía independiente por decreto del Comité Ejecutivo del Soviet de Leningrado. Vladislav Gusev, un famoso periodista deportivo, fue elegido como el primer presidente del club.

Al final esos cambios no ayudaron al equipo. Debido a problemas crónicos de organización y financieros, el equipo jugaba cada vez peor al convertirse en un colista en la Premier Liga. La temporada 1991 el Zenit terminó en la zona del descenso y bajó a la Segunda. Sólo gracias al colapso de la Unión Soviética, el Zenit recuperó su lugar en la Primera división, que se había organizado en la Premier Liga rusa.

Dicho esto, el Zenit fuera relegado. El equipo jugaba en la segunda liga rusa durante tres años consecutivos: a lo largo de este tiempo se reorganizó completamente y fue registrado como una sociedad anónima cerrada. Vitaly Mutko se convirtió en el nuevo presidente del club. Él era el vicealcalde de San Petersburgo en ese momento. El cambio clave en el destino del equipo se produjo con el regreso de Pavel Sadyrin al banquillo. Sadyrin devolvió al Zenit a la primera división, pero pronto fue sustituido por Anatoly Byshovets.

El entrenador dio a sus jugadores una nueva creatividad, mientras que los jugadores extranjeros tomaron posiciones de liderazgo dentro de la plantilla del Zenit por primera vez en la historia. Jugadores de Ucrania, Armenia, Moldavia y Bielorrusia jugaron un papel importante. El fútbol basado en una defensa y disciplina sólidas no es tan divertido de ver, pero fue muy efectivo para el Zenit. Fue este estilo táctico combinado con una cierta libertad lo que Anatoly Viktorovich Davydov aportó al equipo cuando se convirtió en entrenador - lo que llevó al Zenit al título de la Copa de Rusia el 26 de mayo de 1999. 

El héroe de la final fue Alexander Panov, que marcó dos goles. Roman Maksimyuk también anotó en la victoria del Zenit por 3:1. Los jugadores del equipo-ganador fueron: Roman Berezovsky, Alexander Babiy, Andrey Kondrashov, Sarkis Ovspeyan, Alexey Igonin, Yury Vernidub, (capitán del equipo), Konstantin Lepyokhin, Alexander Gorhskov, Gennady Popovich, Roman Maksimyuk, Alexander Panov, Igor Zazulin y Andrey Kobelev.